El desarrollo del proceso autonómico en España llevó a ANQUE a replantearse su estructura, creándose las denominadas ‘Agrupaciones Territoriales’, cuyos ámbitos de actuación habrían de coincidir con al menos el territorio íntegro de una Comunidad Autónoma. En virtud de esta remodelación, a la Delegación de Andalucía y Badajoz se unieron las provincias de Almería y Cáceres para configurar en una primera instancia la Agrupación Territorial de Andalucía y Extremadura, que posteriormente daría origen a dos Agrupaciones, una de Andalucía y otra de Extremadura, tras crearse en 1984 sendas comisiones gestoras para ello.

En 1989, la Asamblea Nacional de ANQUE reunida en Valladolid, aprobó unos nuevos Estatutos en los que se contemplaba la posibilidad de que los asociados pudieran ser personas físicas o jurídicas. Entre estas últimas estarían las Asociaciones de Químicos de ámbito y competencias autonómicos que pudieran crearse a partir de las Agrupaciones Territoriales, y cuyas funciones en ANQUE asumirían. Acogiéndose a este procedimiento, la Agrupación Territorial de ANQUE de Andalucía dio origen en 1995 a la Asociación de Químicos de Andalucía (AQA), integrada en ANQUE, que quedó inscrita en el Registro de Asociaciones de Sevilla el 8 de febrero con el número 41/1/05106.