El órgano rector de la ANQUE es la Asamblea Nacional, que se reúne en el último trimestre de cada año y cuyas atribuciones son:

• Establecer las actividades de la ANQUE.
• Examinar y juzgar la gestión de la Junta de Gobierno.
• Acordar el régimen económico de la ANQUE.
• Reformar los Estatutos.
• Elegir los cargos electivos de la Mesa de la Asamblea y de la Junta de Gobierno.

Andalucía está representada en la Asamblea Nacional por tres miembros natos y por once Asambleístas (uno por cada 100 asociados o fracción de 100), que son elegidos por cuatro años, renovándose por la mitad cada dos años.

 
Aparte de en las reuniones plenarias, los asambleístas participan activamente en las diferentes comisiones de trabajo de la Asamblea. nNuestros representantes actuales son:
 

Asambleistas Natos:

Presidente de AQA: FERNANDO ROMERO GUZMÁN (elegido en 2011)
Vocal de AQA en la Junta de Gobierno: RAFAEL PACHECO REYES (elegido en 2011)
Presidente de la Sección Técnica PRL, Calidad y Medio Ambiente: MIGUEL ÁNGEL PORTILLO AGUIRRE (elegido en 2009)
 
Asambleístas elegidos en 2009:

ENRIQUE LÓPEZ-CANTARERO VARGAS

RAQUEL MURILLO BLANCO

ALEJANDRO SÁNCHEZ REMBADO

ANA MARÍA SÁEZ BURGUETE

CLARA ISABEL SANTACRUZ ORTUÑO

Asambleístas elegidos en 2011:

MARÍA JOSÉ GUTIÉRREZ EXPÓSITO

NATALIA MARTÍNEZ DOMÍNGUEZ

FRANCISCO PÉREZ VIGUERA

ALBERTO PLAZA DELGADO

CONCEPCIÓN REAL PÉREZ

CARLOS ROJAS ALCARIO